D. Sebastião e o Vidente narra a história do décimo sexto rei de Portugal, o Desejado, desde o seu nascimento, em 1554, até ao seu fulgurante ocaso, nas planícies de Alcácer Quibir, em 1578.
Encarnando as esperanças da nação, D. Sebastião é, todavia, um órfão privado de afectos, criado e educado por velhos, como a avó, a rainha D. Catarina, e o tio, o cardeal D. Henrique. Aclamado rei aos três anos, vai crescer, caprichoso e atormentado pelos seus traumas e complexos de adolescente, sublimados nos sonhos de glória de mancebo visionário.
Senhor de um poder absoluto (alimentado pela corrupção dos cortesãos e dos políticos), assume-se como o Capitão de Deus, numa cruzada contra os mouros, que vai conduzir Portugal ao desastre, profetizado pelas visões de Miguel Leitão de Andrada, um fidalgo de Pedrógão Grande, com fumos de vidente, cuja vida se entrelaça com a do rei, num binómio de idealismo-materialismo posteriormente imortalizado em D. Quixote e Sancho Pança.
O Desejado, graças à sua personalidade problemática e fascinante, fez-se mito (o Sebastianismo), amado e odiado ao longo dos séculos, tendo o desastre de Alcácer Quibir deixado no esquecimento a melhor parte do seu reinado: as reformas políticas, administrativas e militares.