Tudo começa em 1926 quando o avião do major Varela se despenha misteriosamente no Mondego. Terá sido suicídio ou acidente? Os Filhos de Salazar conta-nos a história de Mariana e Mariano, dois jovens que crescem juntos, mas seguem percursos opostos na vida. Se ela se transforma numa mulher libertina que desafia tudo o que é sagrado para o fascismo e para a Igreja, já ele segue as pegadas do pai, amigo íntimo de Salazar e do cardeal Cerejeira. É acompanhando as suas vidas que assistimos a um retrato vívido do Portugal do Estado Novo: de um lado os representantes do poder, os cidadãos fascistas e a temível PIDE; do outro os inimigos do regime, incluindo os comunistas na clandestinidade. Mergulhados neste conflito Mariana e Mariano, com vidas, morais e ideologias tão incompatíveis, encontram-se e desencontram-se. O destino reserva-lhes uma surpresa que vai mudar as suas vidas. Mas quem vai sofrer a maior mudança é Portugal.