João Pedro Marques nasceu em Lisboa, em 1949. Foi professor do ensino secundário e, depois, durante mais de duas décadas, investigador do Instituto de Investigação Científica Tropical e Presidente do Conselho Científico desse Instituto, em 2007-2008.
Doutorado em História pela Universidade Nova de Lisboa, onde lecionou durante a década de 1990, é autor de dezenas de artigos sobre temas de história colonial, e de vários livros, dois dos quais publicados em Nova Iorque e Oxford (The Sounds of Silence, 2006; e, em coautoria, Who Abolished Slavery? A debate with João Pedro Marques, 2010).